Préparations d’échantillons…

Pour contacter le personnel de :
Biogéosciences : prenom.nom@u-bourgogne.fr
Chrono-environnement : prenom.nom@univ-fcomte.fr

  • Dissection d’organismes

    Pour observation au microtomographe à rayons X 
    objets : micro-mammifères, oursins,…
    Pour prélèvement génétique 
    objets : tissu de rongeurs, oursins, …
    Pour observation à la loupe binoculaire
    objets : pelotes de réjection de rapaces pour retrouver des fragments de rongeurs…

    Loupe binoculaire, matériel de dissection, étuve

Contact Biogéosciences : emilie.steimetz
Contact Chrono-environnement : dominique.rieffel

 Pour observation au microscope 
1 – Coloration et fixation de frottis sanguins (identification/dénombrement de parasites sanguins) 
2- Préparation de suspension de fèces (quantification charge parasitaire dans des crottes de souris)

Contact Biogéosciences : bruno.faivre

  • Tri (et dissection) de macro-invertébrés 

    Stockés morts dans de l’alcool ou vivants dans des glacières – amphipodes, gammares

Contact Biogéosciences : remi.wattier ; alexandre.bauer

  • Tri de macro-restes 

  • Contact Chrono-environnement : dominique.rieffel

  • Extraction physico – chimique des grains de pollen ou de micro-charbons

    Salle équipée d’une hotte et d’équipement de paillasse (centrifugeuse, bain marie…)

Contact Chrono-environnement : julien.didier

  • Extraction d’ADN/ARN

    Purification d’acides nucléiques à partir de différentes matrices organiques (crustacés, insectes, sang, plumes, sols et rhizosphères, bactéries, végétaux…)
    PSM Extraction, vibro-broyeur MagNalyser (ROCHE), DNA Speedvac DNA 110, extracteur automatique QIAcube (QIAGEN), speedvac concentrator 5301 (Eppendorf), TissueLyser II (QIAGEN)

Contacts Biogéosciences : stephane.garnier ; aurelie.khimoun ; maria.teixeira ; remi.wattier
Contact Chrono-environnement – Haut de Chazal : audrey.laboissiere
Contacts Chrono-environnement – La Bouloie : romain.borne ; anne-claude.goydadin
Contact Chrono-environnement – Montbéliard : michel.chalot

  • Découpe de carotte sédimentaire

    Banc de découpe

  • Broyage de tissus minéralisés (biominéraux) en poudre

    Nettoyage, concassage de la coquille et micro-broyage en poudre fine. Possibilité de tamisage de la poudre (jusqu’à 63 μm) – Cabine sur paillasse équipée d’une meuleuse et d’une Dremel pour sciage, décapage préliminaire et élimination des contaminants de surface sur les biominéraux (algues, tapis bactériens, épifaunes, etc), concasseur à mâchoires (<1 mm) RETSCH BB200, broyeuse à bol d’agate (Diam. Int.. 130 mm) FRITSCH Pulvérisette 2

  • Inclusion dans résine (type LR White ou autres) et découpe de tissus durs et mous en parallèle

    Découpe d’escargot coulés dans une résine…
    Saw microtome LEICA SP 1600 permettant des coupes sériées jusqu’à 40 μm d’épaisseur

  • Polissage de surface jusqu’à 0,05 µm

    Polisseuse Minitech 233 PRESI

  • Extraction de la matrice organique des tissus calcifiés 

    La matrice organique (protéines, sucres…) est extraite à partir de coquilles de mollusques, d’exosquelettes de coraux, de squelettes internes d’oursins…
    Décalcification à l’acide acétique – Burette électronique Titroni
    Filtration et quantification de la matrice organique totale dans le tissu calcifié – Centrifugeuse, cellule d’ultrafiltration – matériel de dialyse, étuve, balance
    Lyophilisation de la matrice organique extraite pour réaliser des analyses biochimiques – Lyophylisateur Telstar Cryodos équipé d’une pompe Edwards7

Contact Biogéosciences : frederic.marin

  • Extraction des sulfures d’une roche par distillation

Contact Biogéosciences : christophe.thomazo

  • Extraction du groupement phosphate d’apatite (1 mg, dents de poissons, de crocodiles, dents humaines) sous forme de cristaux d’Ag3PO4

    Les cristaux AgPO4 sont ensuite combinés avec du graphite dans des capsules de phosphate d’argent et analysés pour leur composition isotopique de l’oxygène dans un analyseur élémentaire haute température Pyrocube (à 1450 °C) couplé à un spectromètre de masse Isoprime, en mode flux continu.

Contact Biogéosciences : emmanuelle.puceat

  • Préparation d’échantillons biominéraux (bivalves et bélemnites) pour analyse de la composition isotopique en carbone et en oxygène

    Les échantillons sont ensuite micro-pesés pour être analysés dans un spectromètre de masse à ratio isotopique KIEL IV

Contact Biogéosciences : emmanuelle.puceat

  • Salle des Terres

    Tamisage – Colonne de tamisage manuelle ou vibrante
    Broyage – Micro-broyeurs à billes (MM 200 Retsch, MM 400 Retsch),  broyeur à mortier (RM 200 Retsch), broyeur à mixeurs à couteaux (Retsch), broyeur mixeur à couteaux (Retsch)
    Lyophilisation des sols – Lyophylisateur LABCONCO

Contact Biogéosciences : olivier.mathieu ; mathieu.thevenot ; jean.leveque

Contact Chrono-environnement : jean-claude.lambert

  • Dégagement mécanique

    Plan de travail avec une hotte, découpeuse thermique à disque diamanté, percuteur pneumatique, crayon graveur, sableuse de paillasse, marteau, massette, burin, aiguilles
    Rayonnage de stockage temporaire

Contact Biogéosciences : arnaud.brayard ; emilie.steimetz

  • Dégagement chimique

    Par dissolution lente dans acide acétique – différenciation par densitométrie
    Plan de travail avec hotte à filtre à charbon couplée à une armoire ventilée, étuve

Contact Biogéosciences : arnaud.brayard ; emilie.steimetz

  • Photographie

    Blanchiment – chlorure d’ammonium, magnésium…, réchaud, masque de soudure
    Banc photo, appareil et éclairage dédié
    Lampe UV

Contact Biogéosciences : arnaud.brayard ; emilie.steimetz

  • Tamisage et micro-tamisage

    Étuve, tamis

Contact Biogéosciences : emilie.steimetz

  • Gestion du mobilier issu des chantiers de fouilles

Contact Chrono-environnement : agnes.stock

  • Dendrochronologie

    Préparation d’échantillons de bois par calibrage et surfaçage afin de rendre possible la lecture des cernes en laboratoire – scie à ruban, scie circulaire afin de calibrer les échantillons, ponceuse à bande (grain 60-220 µm), ponceuse vibrante (grain > 220 µm)

Contact Chrono-environnement : olivier.girardclos

 

  • Tronçonnage de roches

    bloc 20 cm d’épaisseur maxi
    Scie d’arasement, tronçonneuse à roche

  • Rodage de lames minces de roche (et de sols contenant un faible pourcentage d’argiles) à 30 µm et de lames épaisses à 120 µm

    Rodeuse semi-automatique BROT, rodeuse semi-automatique LM300 ESCIL

  • Confection de lames minces de roche (et de sols)

    de dimensions 30×45 mm et 60×45 mm

  • Imprégnation et collage des talons et d’échantillons de roche

    Presse de collage BROT, dessiccateur en verre Ø25 cm, plaque chauffante 1650w 44×29 cm 30-110°C

  • Polissage de lames minces de roche

    4 étapes de granulométrie 6-3-1-1/4 µm

  • Polissage de surface d’échantillon de roche

    Balance de précision KERN 0.01 g à 1000 g, polisseuses semi-automatique (3 appareils)

  • Concassage et broyage de roche et de végétaux

    Carotteuse SD80, concasseur RETSCH, broyeur RETSCH PM200, broyeur IKA-WERKE

Contact Chrono-environnement : didier.convert-gaubier

 

Contact Biogéosciences : pascal.taubaty

  • Métallisation d’un échantillon (biominéral, biologique) au carbone ou à l’or

    Métalliseur carbone : Jeol EC-32010CC Carbon Coter
    Métalliseur or : Jeol DII-29030SCTR Smart Coater

Contact Biogeosciences : emilie.steimetz
Contact Chrono-environnement : flavien.choulet

  • Séchage au point critique de tissus mous pour observation au CT Scan et au microscope électronique à balayage

    Technique en cours de développement
    Appareil de séchage au point critique pour les tissus mous, LEICA EM CPD 300

Contact Biogéosciences : frederic.marin ; emilie.steimetz

L’analyse élémentaire par chromatographie nécessite une préparation d’échantillon au préalable.

  • Pour un échantillon liquide, l’extraction est directe.

  • Pour un échantillon solide, l’extraction se fait par plusieurs étapes

    Lyophilisation –Lyophilisateur CRYOTEC Cosmo20K avec pompe à vide Adixen série C1
    Extraction sous pression –Extracteur Dionex ASE 100 (2006), mode manuel , Extracteur Soxhlet + Extracteur liquide sous pression (PLE) muni de cellules de 40 ou 80 ml Buchi (Speed Extractor E-914) et équipé d’un générateur d’azote Gengaz (Ni Gen LCMS 40-1) – ou par micro-ondes – Extracteur micro-ondes équipé d’un passeur automatique (MAS24) Anton Paar (Monowave 450)
    Concentration et purification –Biotage TurboVap II (2012) évaporation sous azote,  Évaporateur/concentrateur 12 postes avec volume résiduel Buchi (Syncore), VacMaster Biotage (2012), support pour 10 colonne SPE

Contact Chrono-environnement : nadia.crini ; caroline.amiot ; marie-laure.toussaint
Contact Biogéosciences : olivier.mathieu

  • Distillation d’acides (chlorhydrique, nitrique)

  • Mise en solution environnementaux et d’échantillons solides (roches)

    Le laboratoire Chrono-environnement travaille plutôt sur des échantillons environnementaux (sang, herbes, eau,…) pour venir en support de la recherche en Environnement et Santé. La mise en solutions des échantillons se fait
    par voie acide à chaud en système fermé sous pression – Minéralisateur microondes 10 positions Milestone (Ethos),
    par voie acide sous pression atmosphérique – Minéralisateur bloc chauffant 48 positions SCP Sciences (Digiprep)
    ou par calcination puis mise en solution du résidu minéral (cendres) par un acide – Four à calcination Nabertherm (P330)

    Le laboratoire Biogéosiences travaille sur des échantillons solides (roche, sol, dent) et vient en support à des problématique de recherche sur l’Océanographie et l’Environnement. La mise en solution se fait     par voie acide ou par fusion alcaline.

  • Préparation d’échantillons mis en solution ou d’échantillons d’eau pour le dosage d’éléments majeurs, traces ou de rapports isotopiques (143Nd/144Nd ; 206Pb/207Pb ; 176Lu/176Hf ; 176Hf/177Hf)

  • Séparation chromatographique Nd, Hf, Sr, Pb et terres rares

    Le laboratoire Chrono-environnement dispose d’une salle de préparation (-204K) et d’une salle blanche (-205K) – 2 hottes à flux laminaire « Analab » de classe 100 en PVC/PP, 2 postes d’évaporation double étage « Analab » de classe 100 en PVC/PP, 1 distillateur « subboiling » d’acides PicoTrace Cupola Still pour la production d’HCl et HNO3 ultra-pure à partir d’acides de qualité standard, 1 système « Analab CRD » pour le nettoyage de la vaisselle Téflon par vapeurs acides, 1 centrifuge de paillasse, 1 appareil de production d’eau ultra-pure Millipore Milli-Q Integral

    Le laboratoire Biogéosciences dispose d’une salle blanche – 1 plafond soufflant ADS laminaire ; 1 poste d’évaporation double étage « Analab » ; 1 distillateur Analab pour la production d’HCl et HNO3 ultra-pure à partir d’acides de qualité standard ; 1 appareil de production d’eau ultra-pure Millipore Milli-Q Direct Q3

Contact Chrono-environnement : nadia.crini
Contact Biogéosciences : emmanuelle.pucéat