Biochimie et Biologie

Pour contacter le personnel de :
Biogéosciences : prenom.nom@u-bourgogne.fr
 Chrono-environnement : prenom.nom@univ-fcomte.fr
  • Séparation, détection et identification de protéine spécifique à l’aide d’anticorps dirigés contre la protéine : Électrophorèse bidimensionnelle / Western blot


    Détection de protéines calcifiantes chez les organsimes à coquilles (mollusques, oursins…)
    Système de mini-gels monodimensionnels BioRad (Mini Protean III) complet avec son générateur – module de transfert Western-blot – sécheur de gels

     
    Détection de protéines antigéniques (recherche de protéines marqueurs de la maladie du poumon appelée pneumopathie d’hypersensibilité)
    Trans-blot turbo (BIORAD), protean R i12TM IEF Cell (BIORAD), scanner GS800 calibrated densitometer (BIORAD)

Contact Biogéosciences : frederic.marin
Contact Chrono-environnement : benoit.valot

  • Détection ou dosage de protéine – Test ELISA / DELFIA / ELLA


    Lecteur de plaque BioRad (microplaques 96 puits), spectrophotomètre UV/visible pour le dosage de protéines et d’acides nucléiques, équipement de paillasse (vortex, agitateur mono et multi-poste, bains marie, agitateurs rotatifs carrousel, table lumineuse, micro-balance),étuve (jusqu’à 250 °C), incubateur, agitateur orbital/linéaire


    Mise au point de diagnostic (pneumopathie d’hypersensibilité) – Dosage de cytokine – Dosage d’IGG et IGE
    laveur de plaque automatique 405LS Microplate Washer (BIOTEK),  lecteurs de plaque H1 Microplate Reader SYNERGY (BIOTEK)

Contact Biogéosciences : frederic.marin
Contact Chrono-environnement : audrey.laboissiere ; benoit.valot

  • Dosage de protéine par spectrophotométrie

    Biophotometer (EPPENDORF), nanophotomètre (IMPLEN), fluorophotomètre Qubit2.0 (INVITROGEN)

Contact Chrono-environnement : audrey.laboissiere

  • Purification de protéines par électrophorèse préparative Bio-Rad, modèle 491 complet

    Cellule d’électrophorèse, pompe, détecteur UV, module de recirculation, collecteur de fraction, générateur

Contact Biogéosciences : frederic.marin

  • Purification de protéines par kit commerciaux

Contact Chrono-environnement : audrey.laboissiere

  • Dosage de l’activité enzymatiques et des métabolites primaires et secondaires (végétaux, insectes,…) par spectrophotométrie


    Dosage
    activité enzymatique du potentiel anti-oxydant – Dosage du système ProPO/PO (prophénol oxydase/phénol oxydase) chez les invertébrés

    Équipement de paillasse, kit de prélèvement de l’hémolymphe, spectrophotomètre à microplaques λ visible MOLECULAR DEVICES VERSAMAX, spectrophomètre à microplaques λ UV-visible MOLECULAR DEVICES SPECTRAMAX, spectrophotomètre à microplaques λ UV-visible UVIKON 923, spectrophotomètre à microplaques λ UV/visible SPECORD 205


    Spectrophotomètre λ UV-Visible Beckman DU640b

Contact Biogéosciences : philippe.louapre ; jerome.moreau ; maria.teixeira
Contact Chrono-environnement : marie-laure.toussaint ; pascale.bourgeade

  • Dosage des composés énergétiques chez les invertébrés


    Mise au point et réalisation en routine de dosages biochimiques visant à estimer le budget énergétique complet (sucres libres, glycogène, lipides totaux, protéines) à l’échelle individuelle (insecte, crustacé, organisme de petite taille)
    Équipement de paillasse, centrifugeuse, bain sec et lecteur de microplaques, kit de dosage par colorimétrie

Contact Biogéosciences: philippe.louapre

  • Quantification de la concentration en Pro-phénoloxydase et Phénoloxydase (ProPO/PO) dans l’hémolymphe d’insectes (paramètre immunitaire clé), estimation du niveau basal et suite à un challenge immunitaire

Contact Biogéosciences : philippe.louapre
 
  • Caractérisation de l’activation du complément par les anticorps naturels et de l’agglutination des globules rouges

    Tests d’hémolyse et d’hémagglutination

Contacts Biogéosciences : bruno.faivre

  • Quantification de marqueurs inflammatoires

    Kits commerciaux

Contact Biogéosciences : bruno.faivre

  • Quantification des effecteurs de l’immunité

    interleukine (TGFß, TGFα, IL4,…)

Contact Biogéosciences : bruno.faivre

  • Bio-essai de laboratoire

    Tester la toxicité d’une substance sur des animaux (contamination du sol et tests sur escargot) – production des animaux en animalerie (invertébrés,…) – expositions aux animaux d’animalerie en conditions contrôlées

Contact Chrono-environnement : frederic.gimbert ; dominique.rieffel

  • Bio-indication active  

    Implantation in situ (caging) d’organismes bio-indicateurs élevés au laboratoire (escargots, larves de chironomes)

Contact Chrono-environnement : frederic.gimbert

  • Bio-indication passive

    Étude des réponses des populations naturelles (animales) aux stress environnementaux – chimique (pollution), biologique (parasitisme)
    Invertébrés – mollusques, crustacés, insectes
    Vertébrés – micromammifères, oiseaux, poissons

Contact Biogéosciences : bruno.faivre ; alexandre.bauer ; stephane.garnier ; aurelie.khimoun
Contact Chrono-environnement : renaud.scheiffer

  • Analyses hématologiques sur faibles volumes sanguins (quelques dizaines de µl)

    Hématocrite, hémoglobine, numération formule sanguine incluant formule leucocytaire
    Automate d’hématologie HORIBA ABX Micros ES 60

  • Analyses de biochimie du plasma ou de l’urine, y compris sur micro-volumes (~100 µl)

    Chimie clinique humaine et vétérinaire (paramètres « classiques » substrats, enzymes, protéines spécifiques… ; anti-oxydants et TAC ; ionogrammes)
    Automate de chimie clinique RANDOX RX daytona+

Contact Chrono-environnement : clementine.fritsch
Contact Biogéosciences : bruno.faivre ; gabriele.sorci

 

L’étude des effets des rayonnements ionisants sur la matière a pour but de doser aux faibles énergies, d’optimiser des détecteurs et d’étudier la durabilité des matériaux de stockage.

  • Visualisation de cassures d’ADN irradié (RX mous)

    Générateur de rayons X ultra mous et système de détection associé

  • Modélisation numérique des détecteurs et simulation des interactions gamma/détecteur

    Moyens de calcul et de simulation (MCNPX, FLUKA, PENELOPE, COMSOL…)

  • Mesure de micro-volumes libres dans les matériaux de stockage

    Spectrométrie d’annihilation de positons, AFM, DSC, spectromètre IR, dispositif d’électrophorèse et de lecteur de plaques

Contact Chrono-environnement : michel.fromm

La modélisation moléculaire appliquée à la chimie et à la biophysique permet d’étudier la réactivité chimique en milieux biologiques (interaction médicament/cellule, catalyse, enzymologie, dépôts de films moléculaires minces sur surface).

  • Organisation de composés actifs au sein d’une membrane

  • Conformation d’une protéine en environnement cellulaire

  • Caractérisation et validation en spectroscopie Raman haute résolution

    Spectromètre Raman résolu en temps, spectromètre UV/Vis, moyens de calcul en chimie quantique et de visualisation (Gaussian, Gromacs, NAMD, Pteros)

Contact Chrono-environnement : christophe.ramseyer

La dosimétrie par gel consiste à la fabrication et lecture de capteurs 3D sensibles aux rayonnements ionisants pour optimiser les traitements médicaux par radiothérapie.

  • Élaboration et coulage de gels dosimétrique sous température et atmosphère contrôlées

    Boite à gant sous atmosphère azote ultra pur, cuve de fabrication thermostatée

  • Lecture optique de l’opacité / granulosité des capteurs gels

    Banc optique développé au laboratoire

Contact Chrono-environnement : marie-laure.toussaint

Le phytomanagement consiste à la remédiation de sites et sols pollués par l’utilisation de végétaux et valorisation des biomasses produites.

  • Mesure de paramètres écophysiologiques végétaux in et ex situ

    Mesure d’échanges gazeux foliaire (photosynthèse respiration) par mesure de la conductance stomatiqueLiCOR 6400 (LiCOR incPoromètre AP4)
    Mesure optique de l’oxygène dissous dans l’eau et Ph mètre – sonde multi paramètre HQd 40 avec sonde LDO
    Morphologie racinaire et foliaire – système WinRhizo (Scanner+logiciel d’analyse d’image)
    Mesure de fluorescence de la chlorophylle a (indicateur de stress chez les végétaux) Mini PAM (WALZ)
    Mesure de la teneur en chlorophylle foliaire – Chlorophyll Content Meter
    Mesure de la teneur en chlorophylle foliaire – Universal light meter submersible (UM% 500, Walz)

Contact Chrono-environnement : michel.chalot ; julien.parelle

  • Mesure via de la teneur en métaux dans les cernes des arbres

    ICP XRF

Contact Chrono-environnement : olivier.girardclos

Les systèmes de vidéo tracking présents à Biogéosciences sont utilisés pour faire des suivis de comportements chez les gammares sur une session de temps déterminée.

  • Système de vidéo tracking avec caméra fixe – GamBox

    Ce système de vidéo tracking est enfermé dans une armoire afin de contrôlée complétement les paramètres de luminosité.

  • Système de vidéo tracking avec caméra amovible- Statif

Contact Biogéosciences : alexandre.bauer ; marie-jeanne.perrot